制度基础审计是指从检查被审计单位内部控制系统人手，根据对内部控制系统评审的结果，确定实质性测试的审查范围、数量和重点，根据检查结果形成审计意见和结论。
1.制度基础审计产生的理论根据
如果产生财务信息的各种技术和方法，以及为防止与揭示差错或不法行为而采取的各种措施是可以依赖的，则由这个系统所产生的结果其可信性水平也就会比较高。
2.制度基础审计是以内部控制系统为入手点，通过对各个控制环节的审查，发现内部控制系统中的薄弱环节，找出问题的症结，并针对这些环节确定检查范围和重点，从而帮助审计人员合理的确定需要直接检查的经济业务和会计事项的数量，以便在不影响审计质量的前提下，提高审计工作效率。
3.运用制度基础审计模式需要大量采用抽查方法
抽查测试中工作量的大小、样本容量的确定以及抽样方法的选择等是以内部控制系统的强弱以及对内部控制系统的检查和评价为基础的。