黄连及小檗碱具有抗实验性胃溃疡作用。给大鼠灌胃黄连甲醇提取液，对盐酸-乙醇引起的胃粘膜损伤有明显保护作用，小檗碱对大鼠醋酸性胃溃疡有愈合作用。小檗碱抗溃疡作用与其抑制胃酸分泌作用有关。
目前认为，幽门螺杆菌感染是溃疡病、慢性胃炎的重要发病原因，黄连对幽门螺杆菌有较强的抑菌作用，这可能是黄连治疗溃疡病的作用机制之一。
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